1989年《中华人民共和国环境保护法》（以下简称《环境保护法》）中诸项环保制度的实施极大地促进了中国的环境保护事业，但时光荏冉，自1989年特别是全国人大环资委成立后，我国先后制定和修改了20多部环境与资源保护法律、法规，这在所有部门法的发展中都是前所未有的。这些单项环境法对原有的环境法律制度有所超越和突破，致使《环境保护法》中相关制度的规定不仅不能在环境管理中广泛使用，以指导、协调各单行法中的制度，反而处于与单行法中行之有效的规定相冲突而失效的尴尬境地。此外，强制管理和制裁为主的管理模式和理念贯穿于《环境保护法》的各项制度中，无法反映新时期市场经济、民主政治等综合因素的要求，远不能适应建立市场经济对环境保护的规范与需要。当然，最重要的是指导思想的变化，“当今的环境保护已经不单单是防止污染的狭隘范围，随着国际形势的发展，我们该从更加宽泛的视角来理解环境的含义，即环境、资源与生态融合的整体环境观……”在可持续发展理念的指导下，风险预防、代际公平、公众参与、全过程控制等环境保护的新思想、新原则得以确立，而这些在《环境保护法》的管理制度中均无从体现，与其作为保护自然环境的根本性手段和措施的地位是极不相称的。因此，《环境保护法》中的制度条款急需完善。
环境影响评价制度和三同时制度是我国环境管理制度中实施最为有效的两项，两者相互结合充分贯彻了“预防为主”原则，1989年《环境保护法》从法律上肯定了这两项制度。但随着2002年《中华人民共和国环境影响评价法》的出台和1998年国务院《建设项目环境管理条例》的颁布，《环境保护法》中的相关规定已显滞后。新的环境影响评价制度与旧的相比，最大的不同就是扩大了环境影响评价的范围，即将以往单纯地评价建设项目扩大到包括评价对环境有影响的规划，相应地环评的主体和程序都有所变化，因此《环境保护法》应该对环评的范围、主体、程序作出重新规定。当然，采用援引《环境影响评价法》的方式规定也是可行的。至于三同时制度，原《环境保护法》第26条的规定将其适合使用的范围限制在建设项目上，也是与“大环境”的观念不符的，应将其扩大到包括自然开发项目上。以此类推，对于《环境保护法》中其他仍然可行的制度，我们在保留的同时应扩大其适合使用的范围，比如将重大污染事故的报告与应急制度扩大为重大污染与资源破坏事故的报告与应急制度。
1989年《环境保护法》修改时，“以经济建设为中心”的发展政策居于主导地位，一些国外行之有效的制度如排污许可制度以不符合中国国情为由未被采纳，《环境保护法》只规定了排污申报制度。但上个世纪80年代中后期，中国为了推动总量控制的实施开始在水环境管理方面实行许可制度，1996年的《水污染防治法》及其实施细则对排污许可证制度进行了规定。随后，2000年修改的《大气污染防治法》规定，对大气污染物总量控制区内企事业单位的主要大气污染物排放总量，核发主要大气污染物排放许可证。并且根据别的环境法律、法规的规定，许可制度在我国环境管理中已广泛实施，如海洋倾废许可证、林木采伐许可证、采矿许可证、取水许可证、捕捞许可证、海域使用许可证等等。因此，此次修改《环境保护法》应将申报与审批许可相结合规定为环境管理的一项基本制度，且不局限于排污的申报与许可，扩大为环境与资源管理的申报与许可制度，为诸多已生效的单行法规定提供法律依据。
公平是法律的基本价值之一，环境公平是近年来环境法领域人们较为关注的价值理念，根据吕忠梅教授的观点，可分为代内公平、代际公平和权利公平。权利公平在发展中国家非常大程度上还只能是价值层面上的探讨，但代内公平和代际公平在许多国家的环境基本法中都有所体现，不仅有原则式的宣言，也有制度规定的保障。排污收费和资源开发者付费、生态效益补偿制度都是体现环境公平的制度，但我国《环境保护法》仅有排污收费制度的规定，与时代的落差是很明显的。且《环境保护法》第二十八条的排污收费制度因为单行法内容的突破已丧失其作为基本制度指导、协调单行法中制度的作用，由此造成的混乱应该早日消除。比如，根据《大气污染防治法》、《海洋环境保护法》、《水污染防治法》的规定，向陆地水体、海洋和大气排放污染物，即使未超标也要缴纳排污费，但向别的环境介质中排放污染物未超标则不交排污费；并且，超标排污行为在交费之外是否还应被认定为行政违背法律规定的行为加以行政处罚，在不同的单行法中答案是不同的。而《环境保护法》中仅规定：“排放污染物超过国家或地方规定的污染物排放标准的企事业单位，依据国家规定缴纳超标准排污费。”针对我国环境污染的严重局面，《环境保护法》中的排污收费制度宜规定为：排放污染物的企事业单位，依法缴纳排污费，排放污染物超过国家或地方规定的排放标准的，依法缴纳超标准排污费并接受行政处罚。
此外，利用自然资源付费制度即自然资源有偿使用制度在许多单行法中有具体的规定。1998年修订的《土地管理法》第2条第4款规定了国家依法实行国有土地有偿使用制度，只是国家在法律规定范围内划拨国有土地使用权的除外；1998年修订的《森林法》第8条第1款规定了造纸等部门按照木浆纸张等产品的产量缴纳一定数额的资金，专门用于营造林木；《矿产资源法》第5条规定了国家对矿产资源实行有偿开采，开采矿产资源，一定要按照国家有关规定缴纳资源补偿费；《水法》第7条明确规定国家对水资源实行取水许可制度和有偿使用制度；2002年开始实施的《海域使用管理法》规定，所有单位和个人使用海域，一定要活得海域使用权证，并依法缴纳海域使用金。《环境保护法》应总结各单行法的相关联的内容，把资源利用收费制度作为《环境保护法》的一项基本制度规定下来，这既是将环境问题的外部性内在化的有效措施，又体现了环境公平的原则。
至于生态效益补偿制度的提出，是基于这样一种不公平的现实，即某些地区处于生态屏障的地位如流域的上游其环境需加以特别保护，这使其经济发展受到限制，牺牲了地区的经济利益；同时相邻或相关的地区享受由此而来的生态效益。因此将地区之间的生态效益补偿制度作为环境管理的一项基本制度在法律中明确，有助于实现公平的价值目标，并将极大地提高人们保护环境的积极性。
既然谈到了环境问题的外部性，那么利用经济手段进行环境管理自然是十分必要的，这在我国《环境保护法》中也有所体现，如前所述的排污收费制度。但随着市场经济的迅速发展，已有的经济刺激制度的弊端也是很明显的，一是制度适用的对象仅限于生产者，没有延伸到消费的人，无法体现全过程控制的思想；二是消极经济刺激有规定，积极经济刺激在制度上仍是空白。已实施的《清洁生产促进法》中有大量鼓励企业组织清洁生产的规范，《环境保护法》在相应的条款中宜对其作出总结上升，规定对实行清洁生产的企业、建设运营环境基础设施的企业、开展污染控制和资源综合利用技术项目的企业和个人等给予税收减免、贷款优惠及优先使用环境保护专项资金。同时规定环境押金制度，对一些具有潜在污染性的固体废弃物如塑料、玻璃等包装物及废旧电池等进行回收，实现从生产到消费的全过程控制。当然，最为集中体现全过程控制原则的制度当属清洁生产制度，原《环境保护法》第二十五条即是其雏形，现在应对该条款做修改，明确规定清洁生产制度，法条设计可选择或原则规定清洁生产制度的主体、实施、责任，或规定援引条款。
此外，我国早在1994年5月1日就成立了环境标志产品认证委员会，实施环境标志制度。该制度指认证机构依据一定的环境保护标准、指标或规定，向自愿申请的企业颁发环境标志，又称生态标志或绿色标志，标志获得者可将此标志印在所申请的产品及包装上，它向消费者表明该产品或服务与其他同种类型的产品或服务相比，从开发、生产、使用、回收到处置的整一个完整的过程都对环境无害或危害极小。实施环境标志制度的根本目的是引导消费的人在作出购买决策时更多选择获得标志的产品和服务，从增加市场销售额的角度促使生产商生产出更多的“绿色产品”。现在的当务之急是要从法律上确立这项制度，因此要在《环境保护法》中规定环境标志管理制度，对环境标志的适用对象、申请条件、审查标准和程序、管理机构、法律责任等作出规定，并由有关管理部门制定具体实施办法。同时环境标志制度也是调动公众参与环境保护的一种良好方式。
公众参与是现代环境保护民主思想的体现，许多国家都提供法律手段承认公众的作用，我国《环境保护法》中仅第6条规定“一切单位和个人都有保护自然环境的义务，并有权对污染和破坏环境的单位和个人进行检举和控告”，该规定过于空泛，无操作性可言。而建立和完善公众参与环境保护的法律制度，通过公众监督机制实现环境管理民主化，对于防止因自治机关违法或不当行使环境权引起环境污染和破坏，是必不可少的。获取环境信息和通过有效途径参与环境保护是实现公众参与原则的两大支柱，国外的相关立法正是从这两方面做制度设计的。即关键要解决两个问题，一是保证公众有获得环境信息的权利，建立环境信息公开制度，对无保密要求且与民众关系紧密的环境数据要定期发布，法国环境法中就有此规定，要求地方环境部门公布环境状况曲线图，公布当地每个污染大户的名单及其平均排放量。二是建立环境听证制度和环境诉讼制度，规定公民可以听证的方式参与对环境纠纷的处理，并对环保监管机关未依法履行职责或认为环保监管部门审批建设项目不当时，可以向法院提起诉讼，并且通过原告相对举证责任较轻、返还诉讼费等具体措施，促进公民积极参加环境保护监督。
此外，我国已有一些单行环境法律和法规是关于具体生态要素如土地、渔业、森林、草原保护的，同时还有关于特殊区域保护的《自然保护区条例》。而《环境保护法》作为单行环境法的立法依据，应建立生态要素保护制度和特殊区域保护制度，对生态要素和特殊区域的保护进行笼统规定，这既是对已有法律实践的总结，也便于日后生态保护法律体系的充实，起到基本法前瞻性的指导作用。如生物多样性、湿地、臭氧等要素的保护，国家公园、历史遗迹、风景名胜区、生态功能区等特殊区域的保护在生态保护法律体系中还是空白，有待在《环境保护法》的指导下进行立法。
